События разворачиваются в постапокалиптическом мире, где человечество, раздираемое страхом и суевериями, погрузилось в новый виток мракобесия. В центре повествования — молодой парень по имени Томас, который просыпается в лифте, поднимающемся на поверхность, с одной лишь смутной тенью воспоминаний о своем прошлом. Он оказывается в Лабиринте, огромной территории, отгороженной от внешнего мира гигантскими, постоянно движущимися стенами, которые являются единственной защитой для сообщества таких же, как он, подростков. Каждый день самые отважные из них, Бегуны, отправляются в лабиринт, пытаясь нанести на карту его бесконечно меняющиеся коридоры и найти выход, пока смертоносные механические твари, Гриверы, не выследили их. Ночью ворота Лабиринта захлопываются, оставляя тех, кто не успел вернуться, на верную гибель. Томас, чувствуя странную, почти подсознательную связь с этим местом, стремится стать Бегуном, чтобы не только выжить, но и разгадать главную загадку: кто их сюда поместил и почему. Появление в Лабиринте первой и единственной девушки, Терезы, с тревожным посланием «Всё изменится» становится катализатором необратимых событий. Она каким-то образом узнаёт Томаса, что лишь усиливает общее смятение и подозрительность. С этого момента привычный, хотя и суровый уклад жизни в Лабиринте рушится: стены перестают закрываться на ночь, впуская Гриверов прямо на территорию обитания, а солнце гаснет, погружая мир в кромешную тьму. Томас, Тереза и небольшая группа выживших понимают, что оставаться на месте — значит обрекать себя на истребление. Они принимают отчаянное решение броситься в самое сердце Лабиринта, надеясь, что именно там скрывается путь к свободе. Этот побег превращается в изматывающую гонку на грани жизни и смерти, где каждый поворот может стать последним, а правда о Лабиринте и его создателях оказывается куда страшнее и масштабнее, чем кто-либо мог предположить, открывая путь к новым, ещё более опасным тайнам.